En función del artículo 29 sobre Regímenes especiales de la Ley Reguladora de las Bases del Régimen Local de 1985, Pesquera está constituída como Ayuntamiento con Concejo Abierto, es decir, el gobierno y la administración municipales corresponden a un Alcalde y a una Asamblea vecinal de la que forman parte todos los electores. Los ayuntamientos con este tipo de órgano de gobierno ajustan su funcionamiento a los usos, costumbres y tradiciones locales y, en su defecto, a lo establecido en esta Ley y las Leyes de las Comunidades Autónomas sobre régimen local.

Actualmente, la alcaldía la ostenta Don Domingo Fernández González, siendo teniente de Alcalde Don Miguel González Conde.